1997年，遵义撤地设市，原遵义市改为红花岗区，红花岗区委、政府南迁至忠庄镇。为拉动南部新城的建设，区政府决定在忠庄镇建一所上规模、上档次的现代化的完全中学。2000年，遵义市人民政府批复了红花岗区人民政府关于兴建“遵义中学”的请示。区政府在完成了征地、设计、平场等工作后，通过招商引资的方式，决定由贵州遵义东方实业股份有限责任公司续建续办“遵义中学”。有着深厚教育情结的遵义民营企业界的精英、遵义东方公司董事长白世明先生、执行董事李永淮先生等人接手后，进京寻求智力支持，清华大学附中为支持革命老区办教育，同意把“遵义中学”办成清华大学附中姊妹学校，双方签署了合作办学协议，并对“遵义中学”进行更名，“遵义清华中学”便应运而生。2001年4月，经遵义市教育局批准，学校取得了办学许可证。同年8月，一所投资5000余万元兴建的全日制、全封闭、寄宿制民办完全中学建成，并招生正式办学。学校的建成招生，在贵州省的民办教育史上写下了重重的一笔！
办学五年来，在市、区两级政府的大力支持下，在教育主管部门的直接指导下，在清华大学附中的热心帮助下，在社会各界的热情关心下，学校迅速健康发展，办学条件日趋成熟，办学规模不断扩大，办学水平逐渐提高。五年时间，学校以较快的发展速度形成了独具特色的办学风格，高起点，上档次，重育人，抓质量，如今已结出了丰硕的果实！
（1）办学条件日趋成熟。我校占地110亩，约73333.33平方米，生均36.85平方米，建筑总面积约42646万平方米。校舍面积34795.00平方米，生均17.48平方米。其中教学用房17816.00平方米，学生公寓13333.00平方米，食堂3646.00平方米。另有教师公寓7851.00平方米。运动场地共26485.00平方米，生均13.31平方米。其中田径运动场20477.00平方米，室外篮球场3000.00平方米，室内篮球场、乒乓球室共882.00平方米，升旗广场（兼操场）2130.00平方米。绿化面积共30000.00平方米，生均15.08平方米，绿化面积占校园面积的40.91%。
学校建有40个标准教室，10个实验室（4：4：2），3个专用多媒体教室，1个800座的多功能厅，1个近200座的学术报告厅，1个藏书35000余册的图书馆（另有电子图书10000册），1个50座的教师阅览室，1个250座的学生阅览室，1个电子阅览室和2个网络教室，内有学生用计算机220多台，另有3个多媒体移动工作台，有音乐、美术、书法等专用教室共10余间；教学区办公室共20间，行政办公楼办公室及其辅助用房共47间，2幢学生公寓共有寝室348间，2幢教师公寓共有教师住房70余套，4个食堂共有餐位2272个，供热水、暖气的环保节能型锅炉房1个，6个床位的医务室1个，同时建有设备先进的千兆校园网络和远程教育接收系统。基本能够满足教育教学的需要。
（2）办学规模不断扩大。我校开办第一年，在校学生近800人，有教职工90余名；2002年秋季开学，有学生1200余人、教职工130余名；2003年秋季开学，有学生1450余人、教职工160余名；2004年秋季开学，有学生1800人、教职工170余名；从2005年秋季开学起，在校生人数基本稳定在2000人左右，教职工队伍已壮大到180余名，基本达到了学校现有办学条件的饱和容量。在办学过程中，我校按照省级示范性高中的要求，调整办学思路，逐年扩大高中招生，高中班级已由原来的一个年级4个班发展到现在的一个年级9—11个班；同时逐年压缩初中的办学规模，初中从一个年级10个班已经过渡到现在的每个年级3—4个班。今后，我校将把发展普通高中作为办学的重点。
（3）办学水平逐渐提高。我校自开办以来，全面贯彻党的教育方针，全面实施素质教育；坚持“育人为中心，学生为主体”的教育思想，按照“成人+成才”的模式育人，为学生的终身发展奠基；以清华大学附中为依托，狠抓教育教学管理，全面提高教育教学质量。五年多来，学校管理水平逐渐提高，教育教学秩序井然，各项工作已经逐步走上正轨。2004年和2005年，学校连续两年荣获红花岗区教育局综合目标考核一等奖；2005年在遵义市高考质量评比中，以一类学校第三名的成绩获得提高教育教学质量奖，2006年再度获得遵义市一类学校提高教育教学质量奖这一殊荣。2004、2005和2006年的高考，学校均取得了优异的成绩。第一、二批次本科的录取率分别达到全省平均水平的4倍和3倍以上，各科的平均分和及格率均名列遵义市前茅，并为清华大学、香港城市大学、复旦大学、南京大学、浙江大学、南开大学、天津大学、中国人民大学、东南大学、武汉大学、华中科技大学、同济大学、西安交通大学、吉林大学等著名高校输送了大批优秀学生。其中，许晓勇同学在2005年高考中以纯文化成绩653分列全省第三名，并以282分的优异成绩获全省文科综合第一名殊荣。学校同时也创造了自有毕业班以来年年都有学生考入清华大学的奇迹。
学校积极创造条件开展课外辅导，以培养学生的个性特长，并取得了显著的成绩，如2006届学生唐䶮同学经过老师的精心培养和耐心辅导，在青少年科技创新活动方面曾六次获得国家级大奖和五次获得省级奖励，被厦门大学免试录取。又如赵曼、周祝伊等同学在全国中学生英语能力竞赛中获得一等奖。
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